Если на пальцах, то всё очень просто: пока вы были здоровы, вы с температурой в 36.6 находились в комнате, скажем, при 27 градусах и ваш организм привык к этой разнице и чувствует себя комфортно; когда вы заболели, и ваша температура поднялась до 39, то те же самые 27 градусов в комнате стали для вас менее комфортными, потому что разница между температурой тела и температурой среды изменилась - стало казаться, что теперь в комнате холоднее.
На самом деле, всё чуть сложнее, и во время болезни, вдобавок, несколько нарушаются процессы терморегуляции, а сама кожа становится гораздо раздражительнее, но если условно, то дело в том, что организм привык к 36.6 и не умеет хорошо жить при 39.