Сложно сказать, почему люди предполагают вред, если этот вред не установлен.
Но точно люди всегда опасаются того, что не понимают. А принцип разогрева микроволнами интуитивно не понятен в отличии от привычных способов нагрева трением или огнем.
Также как и про микроволны постоянно ходят разговоры о вреде от индукционных электроплит. Тоже страшные невидимые волны.
И ведь в случае микроволновки корпус экранирован, но визуально мы проверить экранированность не можем. Отсюда тоже интуитивные опасения.
Информацию о аргументированных опасениях искать сложно потому, что очень много информационного мусора.
Остаётся смотреть научные публикации в медицинских реферируемых журналах.
Ученые активно интересуются возможным вредом микроволновок (500 публикаций): nih.gov
Я заметил два интересных момента -- часто в слухах упоминают о том, что не стоит греть детское питание. В одной псевдонаучной статье я прочитал обоснование этому с упоминанием L-пролина, с которым что-то там случается. Я не обратил на это внимания. Но потом я услышал от медика следующее: "Нам на гигиене втирали про то, что при микроволновой обработке меняется изомерия аминокислот с L на D, отчего они становятся неполноценными. Зато по микробиологическим показателям еда идеальна."
Вот это уже показалось мне интересным, так как это проверяемо и опасения, если проверка подтвердит, объяснимы (знаменитый скандал с wikipedia.org).
Но по указанной ранее ссылке нашел: nih.gov
==========
Водные стандартные растворы-L-аланин, L-глутаминовой кислоты, и L-пролина не указывают на увеличение D-энантиомеров через 30 мин нагревания - ни обычным способом на плите, ни в стандартном микроволновой печи. Конкретный "СВЧ-эффект" и, следовательно, особый риск потребителя, в отличие от прежних допущений, не обнаруживается. Воздействие на аминокислоты, которые наблюдались в традиционно нагретых образцов объясняются более высокой термической выдержки при обработке этих образцов.
=========
Эффекта не обнаружено, но он предполагался. Вот, видимо, отсюда и росли ноги -- изначально кто-то предположил эффект (возможно какой-то эксперимент дал ложный результат) и слухи стали распространяться. Если бы эффект существовал, вред не был бы безусловным, но только предполагаемым в зависимости от многих неопределенных факторов и, главное, дозы. Из за условности предполагаемого вреда и получились, возможно, такие неопределенные слухи.
Ответ кроется в названии прибора — микроволны. Некоторые люди считают, что микроволновкой пользоваться опасно — её микроволны вызывают развитие раковых заболеваний, что, в общем-то, не так.