Существует замечательный сайт TV Tropes (tvtropes.org) — энциклопедия общих мест, штампов, мотивов и приемов популярной культуры, популярного fiction — художественных произведений, рассказывающих истории. То, о чем вы спрашиваете, там называется «Not So Different» (tvtropes.org): посмотрите на список примеров и связанные штампы (например, «Если ты убьешь его, то ничем не будешь от него отличаться»), и вы увидите, что этот прием действительно очень распространен.
Этот штамп происходит от мотивов «злого двойника» и «альтер эго»: для драматизма повествования выгодно, чтобы герои были не одномерны, а главному герою было сложнее расправиться со злодеем: трудно убить того, кто похож на тебя. Злодей, произносящий такое, может лгать с целью перехитрить героя или переманить его на свою сторону, а может говорить искренне, подмечая общие черты характера, получившие разное развитие в разных обстоятельствах. Это, кстати, работает и в обратную сторону: такие сходства может заметить положительный герой, и проникновение в психологию злодея — один из действенных приемов захватывающего нарратива. Таким образом, перед нами художественный прием, благодаря которому история делается сложнее и интереснее. Но уже то, что вы задали такой вопрос, свидетельствует о том, что этот прием затаскан и теперь вместо интереса вызывает иронию.
"Плохой, хороший... Главное -- у кого ружье!" Эш