Я позволю себе разложить "почему" на "как повышается температура", и "зачем она повышается".
Как это происходит. Инфекционные агенты (вирусы, микробы и т.п.) содержат в себе определенные молекулы, "увидев" которые наш организм запускает цепи определенных биохимических реакций. В частности, активируется фермент циклооксигеназа, которая катализирует синтез простагландинов, которые перестраивают встроенный в нас термостат на более высокую температуру.
Зачем это происходит. 1) Организм создает не комфортную среду для чужеродных организмов (вирусов, бактерий). 2) Дается определенный сигнал компонентам иммунной системы, что идет война с захватчиком, и эти компоненты (клетки, органы) активизируют свою деятельность.