Что касается нетерпимости к греху, то логика верующих людей в данном случае строится на нравственных нормах, принятых в Средневековье: "лучше дать человеку немного пострадать при жизни, чем позволить ему вечно гореть в аду после смерти". Она основана на буквальном прочтении известного отрывка из Луки 17:1-2 про мельничный жернов. В качестве иллюстрации здесь обычно используется пример с пожарным, - "если дом горит, то очевидно, что людей нужно выхватывать из огня не заботясь об их удобствах и правилах приличия". Так что пока остается хотя бы небольшой шанс спасти человека от греха и последующей духовной смерти, то можно использовать любые, даже самые жесткие методы.
Когда церковь имела неоправданно большую власть над умами и жизнями людьми, то никому не приходило в голову предъявлять ей какие-то претензии за такую линию поведения. Сейчас ситуация с правами и свободами человека изменилась в лучшую сторону, но некоторые церкви еще не успели под нее перестроиться. Хорошо это или плохо, - покажет время.
А по поводу ущемления прав женщин не совсем понятно, что имеется в виду. Во многом женщины получили свои нынешние права именно благодаря работе христианской церкви. Другое дело, что не все церковные должности и служения для них подходят. В частности, когда священник, проводя какое-либо таинство, олицетворяет собой Христа, то будучи женщиной он выглядел бы по меньшей мере нелепо. К счастью, для самих верующих это в подавляющем большинстве случаев очевидно.