"Каждому воздастся по вере..." - почему у М. Булгакова именно так, если человек ограничен в эпохе, в знании и в среде; здесь даже и божеского милосердия нет?

Христианство -- религия откровения. Поэтому не страшно, что человек ограничен.

Для этого и в истории Бог воплощается, приходит сам к людям, раз человек ограничен.

Для этого Бог и к каждому конкретному человеку приходит, желая спасти каждого.

А в романе Булгакова этого, конечно, не видно. Потому что, роман не пересказ евангелия, а роман, где евангелие используется для других художественных целей. Там евангельские события пересказываются Воландом. Который, вообще-то, отец лжи, лжец от начала. И он старается представить Иешуа странствующим философом, у которого всё люди добрые, а сам он даже и посмертную участь людей не решает, а просит! о ней его, Воланда. Впрочем, намек оставлен, всё-таки, Иешуа может исцелять, а у Воланда вечно больная нога, от боли в которой он избавиться не может.

Сама фраза: 

Каждому воздастся по вере...

сравните с евангелием:

27. Когда Иисус шел оттуда, за Ним следовали двое слепых и кричали: помилуй нас, Иисус, сын Давидов!
28. Когда же Он пришел в дом, слепые приступили к Нему. И говорит им Иисус: веруете ли, что Я могу это сделать? Они говорят Ему: ей, Господи!
29. Тогда Он коснулся глаз их и сказал: по вере вашей да будет вам.

(от Матфея 9:27-29) www.bibleonline.ru

И это благая весть, так как ранее было:

13. и у Тебя, Господи, милость, ибо Ты воздаешь каждому по делам его.

(Псалтирь 61:13) www.bibleonline.ru

Ранее человек действительно был ограничен -- дела. Теперь же вера, которую надо принять, которую даёт Бог, может исцелить.

Повторю, вот что происходит, вот в чем благая весть:

23. Иисус сказал ему: если сколько-нибудь можешь веровать, все возможно верующему.
24. И тотчас отец отрока воскликнул со слезами: верую, Господи! помоги моему неверию.

(от Марка 9:23,24) www.bibleonline.ru

Он сам приходит, сам предлагает исцеление и исцеляет. Человеку нужно было сделать лишь встречный шаг, когда Он пришел и постучался.

_____

Это же касается Вашего второго вопроса:

За что М.Булгаков хотел "наказать"(?) Берлиоза, почему его голова оказывается на балу? Есть ли вообще в романе милосердие Булгаковского бога к людям?

Булгаков не пересказывает евангелие, он показывает мир отказавшийся от Бога, куда приходит Воланд. Воланд и пародирует Бога, и врет о Нем, и выступает или притворяется, что выступает орудием справедливости, то есть Бога. Всё это одновременно и нам самим надо думать и смотреть. В мире, который дождался справедливости от Воланда (нам же нравится как он наказывает там глупых, жадных, лживых), принцип "воздастся по вере" из благой вести о возможности исцеления превращается в отрезание головы атеисту. Нам же предлагается торжествовать и смеяться над самонадеянным атеистом Берлиозом. Хотя, как Вы почувствовали, не очень то смешно. 

________

А как в жизни, как на самом деле? Где правил бал Сталин, где непонятно было, что сделать, чтобы писать романы. Правильно ли поступала реальная Маргарита?

Отсюда и вся двойственность романа такого же как жизнь.

Согласен с Андреем Ларионов, что откуда ж взяться божескому милосердию у Воланда?

В то же время, хочу отметить в вопросе, что в обсуждаемой формулировке человеку воздается не по эпохе, знаниям, среде. А по вере. А в общем то достаточно сомнительно, что эпоха, знания и среда ограничивают веру.