В двух словах - из-за положения Испании и по причине Реформации.
Подробнее: "Историки давно уже знают, что популярное мнение об испанской Инквизиции - всего лишь часть "черной легенды", создававшегося с XVI века корпуса текстов, поносящих Испанию и ее католическую веру. Тогда, в 1500-х годах, католическая Испания была величайшей континентальной державой. Ее враги-протестанты завидовали Испании и нередко, стремясь свергнуть испанское могущество, прибегали ко лжи. Жители севера Европы изображали испанцев темным, жестоким, алчным, подлым, невежественным и узколобым народцем. Больше же всего доставалось инквизиторам. В основе искаженного образа Инквизиции лежит политическое соперничество, презрение к католической вере и расовая ненависть к испанцам" (Эдвард О'Брайен, "Новый взгляд на испанскую инквизицию". Полностью: unavoce.ru )
Другие интересные факты даёт профессор Томас Мэддон: "Инквизиция несла порядок, справедливость и сострадание в противовес безудержным преследованиям еретиков со стороны светских властей и народных масс. Когда жители деревни окружали подозреваемого в ереси и тащили его к местному лорду - как было его судить? Как мог неграмотный мирянин определить, являются ли убеждения обвиняемого еретическими или нет? Как надо было заслушивать и проверять показания свидетелей? (...) Не будем забывать, что целью Инквизиции было находить заблудших овец и возвращать их в паству Христову. Над другими паствами она не имела юрисдикции. Те, кто изучал историю по фильму Мэла Брукса "Всемирная история, часть первая", вероятно, будут удивлены, узнав, что все те иудеи, что подвергаются там различным пыткам в подземельях испанской Инквизиции - не что иное, как продукт плодовитого воображения Брукса. Иудеям Испании бояться испанской Инквизиции не приходилось. В ранние годы быстрого развития было немало злоупотреблений и непонимания. Большинство обвиненных conversos оправдывались - но не все. Публичные сожжения, причиной которых часто становились вопиюще лживые показания, небезосновательно пугали других conversos. Те, у кого были враги, нередко бежали из городов, пока те не успели донести на них. А инквизиторы находили новых обвинителей везде, где искали их. Когда Инквизиция распространилась на Арагон, уровень истерии достиг новых высот. Папа Сикст IV пытался остановить ее. 18 апреля 1482 года он писал епископам Испании: "В Арагоне, Валенсии, на Майорке и в Каталонии Инквизиция была порою движима не ревностью о вере и спасении душ, а страстью к богатству. Многие верные и истинные христиане по доносу врагов, соперников, рабов и прочих низших и даже недостойных лиц были без всякого законного доказательства брошены в мирские тюрьмы, подвергнуты пыткам и осуждены как повторно впавшие в ересь, лишены своего добра и собственности и переданы светским органам на казнь, что вызвало опасность для душ, подало пагубный пример и вызвало во многих омерзение". Сикст приказал епископам принять прямое участие во всех будущих трибуналах. Им следовало обеспечить уважение к установленным церковным нормам правосудия. Обвиняемые должны были иметь доступ к консультации юристов и право апеллировать в Рим. В Средние века распоряжение Папы было бы исполнено. Но те дни прошли. Услышав о письме, король Фердинанд пришел в ярость. Он написал Папе, открыто высказав предположение, что Понтифик подкуплен золотом. [далее текст письма] На этом роль папства в испанской Инквизиции закончилась. Отныне она была органом испанской монархии, отделенным от церковной власти. Так что странно, что испанскую Инквизицию столь часто называют в наши дни одним из величайших грехов Католической Церкви. Католическая Церковь как институт практически не имела к ней отношения".
Далее он довольно подробно описывает деятельность инквизиции, её плюсы и минусы. (Да, якобы были и плюсы, и не такое уж это и гестапо. Жаль, что в статье нет ссылок на источники информации профессора.)
Вывод же таков: испанская инквизиция стала всеобщим жупелом из-за протестантов, которым нужно было оправдать свой церковный раскол. ( unavoce.ru )