Это связано с инерцией. Инерция - свойство, присущее массе вещества, так как вода в чашке имеет массу, то она будет иметь и инерцию, которая будет препятствовать попыткам придать массе движение.
Проще говоря: когда вы крутите стакан, молекулы воды, которые рядом со стенками, успевают зацепиться за них, и поэтому тоже крутятся. А вот те, что дальше, вынуждены цепляться за коллег. Если бы вода была твердой, то связь между молекулами была очень сильной и тогда карусель для молекул была бы обеспечена. Но вода - жидкая, поэтому в центре никакого веселья(