К сожалению, сделать это в ручном режиме нельзя. Система автоматически подтягивает фавикон после того, как начались показы. Но если на сайте изначально не было фавиконки, то ее надо загрузить в корневую директорию на хостинг.
Фавикон подгружается в объявление в Яндекс.Директ с рекламируемого сайта. Поэтому, необходимо добавить favicon на свой сайт и дождаться, пока поисковая система проиндексирует его и внесет в базу. Как только это произойдет, фавикон начнет автоматически показываться в объявлениях.
В Яндекс.Директ иконка сайта подгружается автоматически. Как правило, для этого нужно, что бы в корне сайта, находилась картинка в формате .ico. Полное название favicon.ico