В этих словах – а это старославянизмы - е произносилось как [йэ].
Славянизмы не нужно путать с русизмами: хотя принадлежат и одни, и вторые к общей славянской языковой семье, но славянизмы заимствованы из южнославянской группы, а русизмы – из восточнославянской. Иначе – первые пришли из церковнославянского, вторые – из древнерусского.
Происхождение тех слов, которые начинались с е Даль, например, в своем словаре помечал как «церковнославянское», «старинное». Исконно русские слова начинались с о.
То есть един, езеро, елень, есень – это южнославянские слова, условно говоря, не выдержавшие в русском конкуренции с восточнославянскими один, озеро, олень, осень.
Кстати, бывало и наоборот, когда исконно русские слова вытеснялись старославянизмами, например, полон, ворог, солодкий считаются нынче устаревшими и заменились словами плен, враг, сладкий.
Слово полынь - общеславянское, восходит к основе слова полъти (гореть). В древнерусском употреблялось как пелынь, пелынъ.
Та же беда и со словом стенать: общеславянское, одна основа со словом стон, но с перегласовкой о/е. Но в современном языке существительные стенание/стон и глаголы стенать/стонать отличаются стилистически.
Фонетического преобразования [йэ] -> [о], получается, как такового и не было. Было «выживание» слов из одной группы языка, замена слов, но никак не фонетическое преобразование одного слова.
Если первый вариант, то как тогда можно объяснить фонетическое преобразование [йэ] -> [о]?
Связанный вопрос - https://yandex.ru/znatoki/question/languages/kakim_bylo_istoricheskoe_proiznoshenie_e_28ab92cf/